С момента фактического прибывания налоговых органов либо с момента, указанного в документах?

Не совсем так. Не истекать, а течь с момента фактического прибытия. Но учитывается именно время пребывания, а не иные периоды. И в этом случае сроки не календарные, а по периодам.

Постановление Конституционного Суда РФ от 16 июля 2004 г. N 14-П

"По делу о проверке конституционности отдельных положений части второй статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации в связи с жалобами граждан А.Д. Егорова и Н.В. Чуева"

" 3.2. Исходя из потребности в обеспечении при проведении выездной налоговой проверки, с одной стороны, учета экономических интересов налогоплательщика (плательщика сбора, налогового агента), связанных с самостоятельным и беспрепятственным осуществлением предпринимательской деятельности, а с другой стороны - эффективности мероприятий по проверке исполнения налогоплательщиками своей налоговой обязанности, законодатель установил в части второй статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации в качестве общего правила ограничение срока проведения выездной налоговой проверки двумя месяцами и предусмотрел, что в исключительных случаях вышестоящий налоговый орган может увеличить ее продолжительность до трех месяцев, а при проведении выездных проверок организаций, имеющих филиалы и представительства, срок проведения проверки увеличивается на один месяц на проведение проверки каждого филиала и представительства.

Срок проведения выездной налоговой проверки, как прямо указывает законодатель, составляет время фактического нахождения проверяющих на территории проверяемого налогоплательщика, при этом в него также не засчитываются периоды между вручением налогоплательщику требования о представлении документов в соответствии со статьей 93 Налогового кодекса Российской Федерации и представлением им запрашиваемых при проведении проверки документов. Это означает, что в установленный частью второй статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации двухмесячный (в исключительных случаях - трехмесячный) срок включаются - с тем чтобы не допустить излишнего обременения налогоплательщика в связи с необходимостью предоставления проверяющим условий для работы и т.п. - только те периоды, которые напрямую связаны с нахождением проверяющих на территории налогоплательщика, а именно время проведения инвентаризации, осмотра (обследования) территорий и помещений, используемых налогоплательщиком для извлечения дохода либо связанных с содержанием объектов налогообложения, выемки документов и предметов, а также изучения проверяющими документов налогоплательщика непосредственно на его территории. Что касается встречных проверок, а также экспертиз, то время их проведения не должно засчитываться в срок проведения выездной налоговой проверки, если только проверяющие в этот же период не продолжают находиться на территории налогоплательщика. Не засчитывается в него и время, необходимое для оформления результатов проверки (статья 100 Налогового кодекса Российской Федерации). Следовательно, срок проведения выездной налоговой проверки является суммой периодов, в течение которых проверяющие находятся на территории проверяемого налогоплательщика, порядок же календарного исчисления сроков, установленный статьей 6.1 Налогового кодекса Российской Федерации, в этих случаях не применяется".