Как разрешить конфликт с проживающим долгожителем без оплаты за квартиру в муниципальном жилье?

Вам можно было признать его утратившим право пользования и снять с регистрационного учета.

Согласно ч. 3 ст. 83 ЖК РФ в случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда.( с учетом п. 32 постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 2 июля 2009 г. N 14 "О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении Жилищного кодекса Российской Федерации")

В любом случае согласно ч. 3 ст. 67 ЖК РФ:

3. Наниматель жилого помещения по договору социального найма обязан:

1) использовать жилое помещение по назначению и в пределах, которые установлены настоящим Кодексом;

2) обеспечивать сохранность жилого помещения;

3) поддерживать надлежащее состояние жилого помещения;

4) проводить текущий ремонт жилого помещения;

5) своевременно вносить плату за жилое помещение и коммунальные услуги;

6) информировать наймодателя в установленные договором сроки об изменении оснований и условий, дающих право пользования жилым помещением по договору социального найма.

Вы можете подать исковое заявление на определение порядка пользования жилым помещением и размере участия в расходах на оплату жилого помещения и коммунальных услуг, исходя из приходящейся на него доли. (разделение счетов). (с возложением управляющую организацию обязанности заключить с ним соответствующего соглашения и выдать ему отдельный платежный документ на оплату жилого помещения и коммунальных услуг).