Имеет ли право открывать филиалы в других городах и нужно ли их регистрировать в налоговой.

Не имеет. Вернее, имеет, только тогда надо переходить на обычную систему налогообложения.

НК РФ.

" Статья 346.12. Налогоплательщики

1. Налогоплательщиками признаются организации и индивидуальные предприниматели, перешедшие на упрощенную систему налогообложения и применяющие ее в порядке, установленном настоящей главой.

2. Организация имеет право перейти на упрощенную систему налогообложения, если по итогам девяти месяцев того года, в котором организация подает заявление о переходе на упрощенную систему налогообложения, доходы, определяемые в соответствии со статьей 248 настоящего Кодекса, не превысили 15 млн. рублей.

Указанная в абзаце первом настоящего пункта величина предельного размера доходов организации, ограничивающая право организации перейти на упрощенную систему налогообложения, подлежит индексации на коэффициент-дефлятор, устанавливаемый ежегодно на каждый следующий календарный год и учитывающий изменение потребительских цен на товары (работы, услуги) в Российской Федерации за предыдущий календарный год, а также на коэффициенты-дефляторы, которые применялись в соответствии с настоящим пунктом ранее. Коэффициент-дефлятор определяется и подлежит официальному опубликованию в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.

3. Не вправе применять упрощенную систему налогообложения:

1) организации, имеющие филиалы и (или) представительства".