Кто будет погашать кредит - муж, убитый подозреваемым, или его пенсионер-отец, если он прописан у отца и осталась малолетняя дочь?

Погашать кредит будут наследники.

"Под долгами наследодателя, по которым отвечают наследники, следует понимать все имевшиеся у наследодателя к моменту открытия наследства обязательства, не прекращающиеся смертью должника (статья 418 ГК РФ), независимо от наступления срока их исполнения, а равно от времени их выявления и осведомленности о них наследников при принятии наследства (п. 58).

Смерть должника не является обстоятельством, влекущим досрочное исполнение его обязательств наследниками. Например, наследник должника по кредитному договору обязан возвратить кредитору полученную наследодателем денежную сумму и уплатить проценты на нее в срок и в порядке, которые предусмотрены договором займа; сумма кредита, предоставленного наследодателю для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью, может быть возвращена наследником досрочно полностью или по частям при условии уведомления об этом кредитора не менее чем за тридцать дней до дня такого возврата, если кредитным договором не установлен более короткий срок уведомления; сумма кредита, предоставленного в иных случаях, может быть возвращена досрочно с согласия кредитора (статьи 810, 819 ГК РФ).

Сроки исковой давности по требованиям кредиторов наследодателя продолжают течь в том же порядке, что и до момента открытия наследства (открытие наследства не прерывает, не пресекает и не приостанавливает их течения).