Необходимо ли делать дополнительное соглашение к договору или нужно расторгнуть договор?

Наша фирма заключила договор с администрацией муниципального образования на выполение работ (проектирование, подготовка и согласование проектной документации в надзорных органах). По договору получили предоплату 30% и еще оплату 20% (на основании промежуточного акта выполненных работ). Окончанием работ по договору является выполнение всех работ и подписание сторонами Акта приемки выполненных работ. Работы выполнили не полностью. В договоре есть пункт "в случае невыполнения условий договора любой из сторон предоплата Исполнителем Заказчику не возвращается и идет на погашение расходов Исполнитея по данному договору". Сейчас представители администрации к нам претензий не имеют и готовы письменно подтвердить это. Какие нужно сделать документы и что в них указать, чтобы подтвердить, что стороны не имеют претензий друг к другу по оплате, срокам выполнения работ, работы по договору далее проводиться не будут, предоплата возвращаться не будет. Необходимо ли делать дополнительное соглашение к договору или нужно расторгнуть договор? Есть опасения, что в будущем пройдут кадровые перемещения и новые представители администрации предъявят к нам претензии по возврату предоплаты и выплате неустойки.