Что делать второму собственнику при оплате ЖКХ в 2-комнатной квартире, разделенной на доли и находящейся в судебном разбирательстве?

к сожалению ничего не сделаете. Право собственности она приобретет после того как пройдет 6-ть месяцев. Распоряжаться своей собственностью это исключительное право принадлежащие собственнику.

Прописка роли никакой не играет.

Оплата коммунальных платежей тоже. Вы можете платить за неё, а потом предъявить через суд требования о возврате произведенных вами за неё платежей.

Но лишить ее собственности вы не сможете, даже если она никогда в жизни там и не появиться.