Объясните, кто прав и на что ссылается работодатель?

Посмотрите вот это:

Постановление Правительства РФ от 26.06.1999 г. № 692 "О порядке зачета срока военной службы в местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями в стаж работы для получения процентной надбавки к оплате труда"

В соответствии со статьей 23 Федерального закона "О статусе военнослужащих" и в целях обеспечения социальной защиты граждан, уволенных с военной службы, Правительство Российской Федерации постановляет:

1. Установить, что с 1 января 1998 г. срок военной службы в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и в других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями, в том числе отдаленных, где установлены районный коэффициент и процентная надбавка к оплате труда, засчитывается гражданам, уволенным с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, состоянию здоровья, в связи с организационно-штатными мероприятиями или окончанием срока военной службы, а также по основаниям, предусмотренным подпунктами "а", "г" и "д" пункта 3 статьи 51 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе", в трудовой стаж в календарном исчислении независимо от продолжительности перерыва для получения ими процентной надбавки к оплате труда при поступлении на работу в этих районах и местностях.

В случае увольнения указанных граждан с работы и последующего их поступления на работу в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и в других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями срок военной службы засчитывается в стаж работы для получения процентной надбавки к оплате труда независимо от срока перерыва в работе и мотивов прекращения трудовых отношений.

2. Исчисление суммарного стажа работы для получения процентной надбавки к оплате труда с зачетом срока военной службы, указанного в пункте 1 настоящего постановления, осуществляется на основании выданных воинскими частями по последнему месту военной службы справок об основаниях увольнения и сроке военной службы в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях и в других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями.

Председатель Правительства

Российской Федерации С.Степашин