Является ли данное дело с участием двух юридических лиц подведомственным суду общей юрисдикции или арбитражному суду?

Неправильная трактовка. Такой спор - не между юридическими лицами, управление минюста действует в этом случае не в своих интересах, как юридического лица, а как орган власти, в интересах государства как его представитель. Спор между государством и юридическим лицом. Дальше же все правильно - в гражданских правоотношениях государство приравнивается к юридическому лицу, спор же явно экономический, поэтому подпадает под юрисдикцию арбитражного суда.

АПК РФ.

"

Статья 27. Подведомственность дел арбитражному суду

1. Арбитражному суду подведомственны дела по экономическим спорам и другие дела, связанные с осуществлением предпринимательской и иной экономической деятельности.

2. Арбитражные суды разрешают экономические споры и рассматривают иные дела с участием организаций, являющихся юридическими лицами, граждан, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица и имеющих статус индивидуального предпринимателя, приобретенный в установленном законом порядке (далее - индивидуальные предприниматели), а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, с участием Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований, государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц, образований, не имеющих статуса юридического лица, и граждан, не имеющих статуса индивидуального предпринимателя (далее - организации и граждане).

3. К подведомственности арбитражных судов федеральным законом могут быть отнесены и иные дела.

4. Заявление, принятое арбитражным судом к своему производству с соблюдением правил подведомственности, должно быть рассмотрено им по существу, хотя бы в дальнейшем к участию в деле будет привлечен гражданин, не имеющий статуса индивидуального предпринимателя, в качестве третьего лица, не заявляющего самостоятельных требований относительно предмета спора.

5. Арбитражные суды рассматривают подведомственные им дела с участием российских организаций, граждан Российской Федерации, а также иностранных организаций, международных организаций, иностранных граждан, лиц без гражданства, осуществляющих предпринимательскую деятельность, организаций с иностранными инвестициями, если иное не предусмотрено международным договором Российской Федерации".

ГК РФ.

"Статья 124. Российская Федерация, субъекты Российской Федерации, муниципальные образования - субъекты гражданского права

1. Российская Федерация, субъекты Российской Федерации: республики, края, области, города федерального значения, автономная область, автономные округа, а также городские, сельские поселения и другие муниципальные образования выступают в отношениях, регулируемых гражданским законодательством, на равных началах с иными участниками этих отношений - гражданами и юридическими лицами.

2. К субъектам гражданского права, указанным в пункте 1 настоящей статьи, применяются нормы, определяющие участие юридических лиц в отношениях, регулируемых гражданским законодательством, если иное не вытекает из закона или особенностей данных субъектов.

Статья 125. Порядок участия Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований в отношениях, регулируемых гражданским законодательством

1. От имени Российской Федерации и субъектов Российской Федерации могут своими действиями приобретать и осуществлять имущественные и личные неимущественные права и обязанности, выступать в суде органы государственной власти в рамках их компетенции, установленной актами, определяющими статус этих органов.

2. От имени муниципальных образований своими действиями могут приобретать и осуществлять права и обязанности, указанные в пункте 1 настоящей статьи, органы местного самоуправления в рамках их компетенции, установленной актами, определяющими статус этих органов.

3. В случаях и в порядке, предусмотренных федеральными законами, указами Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации, нормативными актами субъектов Российской Федерации и муниципальных образований, по их специальному поручению от их имени могут выступать государственные органы, органы местного самоуправления, а также юридические лица и граждане".