После покупки квартиры, я подал в налоговую инспекцию документы для предоставления имущественного вычета.

Законом не запрещено. Право выбора места получения вычета предоставлено налогоплательщику. Поэтому ваше обращение о выдаче уведомления должно быть удовлетворено.

НК РФ.

"Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (далее в настоящем пункте - налоговый агент) при условии подтверждения права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет налоговым органом по форме, утверждаемой федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета у одного налогового агента по своему выбору. Налоговый агент обязан предоставить имущественный налоговый вычет при получении от налогоплательщика подтверждения права на имущественный налоговый вычет, выданного налоговым органом.

Право на получение налогоплательщиком имущественного налогового вычета у налогового агента в соответствии с настоящим пунктом должно быть подтверждено налоговым органом в срок, не превышающий 30 календарных дней со дня подачи письменного заявления налогоплательщика, документов, подтверждающих право на получение имущественного налогового вычета, которые указаны в подпункте 2 пункта 1 настоящей статьи.

В случае, если по итогам налогового периода сумма дохода налогоплательщика, полученного у налогового агента, оказалась меньше суммы имущественного налогового вычета, определенной в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в порядке, который предусмотрен пунктом 2 настоящей статьи".