Как учитывать средства полученные в результате заключения соглашения и договора займа с ООО Рога и Копыта на основании договора на поставку товара.

Согласно ст. 346.17 НК РФ - 5 млн. нужно учитывать.

Статья 346.15. Порядок определения доходов

[Налоговый кодекс РФ] [Глава 26.2] [Статья 346.15]

1. Налогоплательщики при определении объекта налогообложения учитывают следующие доходы:

доходы от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса;

внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 настоящего Кодекса.

Абзацы четвертый - пятый утратили силу.

1.1. При определении объекта налогообложения не учитываются:

1) доходы, указанные в статье 251 настоящего Кодекса;

2) доходы организации, облагаемые налогом на прибыль организаций по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 3 и 4 статьи 284 настоящего Кодекса, в порядке, установленном главой 25 настоящего Кодекса;

3) доходы индивидуального предпринимателя, облагаемые налогом на доходы физических лиц по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 2, 4 и 5 статьи 224 настоящего Кодекса, в порядке, установленном главой 23 настоящего Кодекса.

2. Утратил силу.

Остальное не может быть доходом.

Доход вы получили в размере 5 млн., а 10 млн. вы должны вернуть, как излишне уплаченную, или соглашением переоформить на займ. По всей вероятности, вы так и сделали