Как получить пенсию по выслуге лет после прохождения службы в военных учреждениях

Увы, неправильно. Чтобы получить право на такую пенсию, надо на момент увольнения, именно со службы, помимо стажа, иметь и возраст 45 лет. У Вас же такого не было.

Закон РФ от 12 февраля 1993 г. N 4468-I

"О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу, службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семей"

(с изменениями от 28 ноября, 27 декабря 1995 г., 19 декабря 1997 г., 21 июля 1998 г., 1 июня 1999 г., 6 декабря 2000 г., 17 апреля, 30 декабря 2001 г., 10 января, 4 марта, 29 мая, 12, 30 июня, 25 июля 2002 г., 10 января, 30 июня 2003 г., 29 июня, 22 августа, 29 декабря 2004 г., 2 февраля, 21, 30 декабря 2006 г.)

"Статья 13. Условия, определяющие право на пенсию за выслугу лет

Право на пенсию за выслугу лет имеют:

б) лица, указанные в статье 1 настоящего Закона, уволенные со службы по достижении предельного возраста пребывания на службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями и достигшие на день увольнения 45-летнего возраста, имеющие общий трудовой стаж 25 календарных лет и более, из которых не менее 12 лет шести месяцев составляет военная служба и (или) служба в органах внутренних дел, и (или) служба в Государственной противопожарной службе, и (или) служба в органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, и (или) служба в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы".