Как поступить наиболее правильно и выгодно с точки зрения налогообложения и вычета и в какие сроки.

Если муж стал собственником обоих половин продаваемой квартиры более 3-х лет назад, то будучи резидентом РФ по уплате налогов имеет право на имущественный налоговый вычет при продаже квартиры на всю полученную от продажи сумму независимо от её размера (пп.1 п.1 ст.220 НК РФ), поэтому налог с полученной от продажи квартиры суммы при предоставлении названного вычета ему платить не придётся. Проживание свыше 90 суток без регистрации по месту жительства или по месту пребывания влечёт за собой административную ответственность по ст.19.15 КоАП РФ. Таким образом лучше ему зарегистрироваться хотя бы по месту пребывания сроком на один год у знакомых, родственников или у Вас, либо прибегнуть к услугам фирм, предоставляющих регистрацию за плату. Поскольку пока новая квартира Вам по акту не передана, то сейчас воспользоваться однократно предоставляемым правом резидента РФ по уплате налогов (ст.11 НК РФ) на получение имущественного налогового вычета при покупке жилья по пп.2 п.1 ст.220 НК РФ Вы не сможете. После того, как дом будет сдан Госкомиссии и квартира будет передана Вам по акту Вы сможете воспользоваться правом на вычет при покупке, тем более, что у Вас зарплата выше, чем у мужа, а значит вычет на сумму затрат, но не свыше 130000руб. предварительно уплаченного подоходного налога Вы получите быстрее. Можете воспользоваться правом получения уведомления для работодателя, что позволит не платить текущий подоходный налог вплоть до получения всей суммы.