Проблемы с арендатором и перегородкой - как узаконить помещение в памятнике архитектуры?

Порядок согласования должен быть указан в договре (ст. 421 ГК РФ). Заставить согласовать Вы не можете. В соответствии с п.2 ст.1, п.1 ст.420, п.п.1, 4 ст.421, п.3 ст.423 ГК РФ договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении гражданских прав и обязанностей. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора и в установлении своих прав и обязанностей по нему. Условия договора определяются по усмотрению сторон, при условии их непротиворечия законодательству, а также, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом, иным правовым актом. Договор предполагается возмездным, если из закона, иных правовых актов, содержания или существа договора не вытекает иное

Необходимо смотреть условия основного договора аренды (гл.34 ГК ).

временные сборно-разборные офисные перегородки не относятся к конструкциям здания и не требуют согласования в БТИ. СНиП 31-05-2003

читайте условия договора

Зачем Вам вообще нужно было это согласование и все проблемы с ним связанные. Могли считать, что эта перегородка временная и согласования не требующая.

Если у Вас заключен договор субаренды, то в договоре должны быть указаны Ваши права, что Вы можете делать, можете без собственника обратиться в БТИ, но как сказали коллеги выше, данная перегородка согласования не требует.