Куда правильнее обращаться - в военную прокуратуру или военный суд?

В 1991 году поступил в очную адъюнктуру ВА им. Дзержинского из Рижского ВВПКУ им. Бирюзова с должности преподавателя кафедры тактики, штатная категория "подполковник", воинское звание подполковник присвоено в 1990 году. По окончании адъюнктуры представил научный отчет о проведенных исследованиях, который был одобрен на заседании кафедры. При рассмотрении назначения на должность был рекомендован руководителем на должность преподавателя, но зам. начальника кафедры, ответственный за распределение адъюнктов, организовал обоснование перед начальником академии назначения меня на майорскую должность при наличии вакантной подполковничьей. Мне была предложена альтернатива - назначение в другой город. На это я сообщил, что мое училище расформировано в 1992 году, и если меня назначать, как не справившегося, то на старое место службы. Никаких документов о согласии или отказе я не подписывал. Препятствием для обжалования назначения была необходимость доведения работы до защиты. Защитил диссертацию в 1998 году (через 4 года). 21.6.98 достиг предельного возраста пребывания на военной службе, с августа 1998 года прекратил исполнение обязанностей военной службы в связи с тем, что по закону "О воинской обязанности и военной службе" подлежу увольнению с военной службы. Не уволен по сей день из-за отсутствия жилья - живу с семьей в 1-комнатной квартире слушательского фонда, находящегося в оперативном управлении академии имени Петра Великого. В 1999 году обратился за разъяснением оснований для моего назначения с понижением. Получил ответ начальника отдела кадров, что основание - рапорт начальника кафедры. То есть отдел кадров якобы отмежевался от обязанности контроля над законностью назначений, а мне предложено согласиться с законностью назначения, в чем я сомневаюсь. Могу ли я надеяться на получение заключения прокуратуры или решения суда о законности моего назначения в 1994 году? Могу ли я момент получения мной положительного решения (заключения) - если такое можно получить - считать моментом, когда мне "стало известно о нарушении моих прав..." (как указано в ГПК - имея в виду процессуальные сроки) и обратиться за восстановлением прав и возмещением морального вреда? Куда правильнее обращаться - в военную прокуратуру или военный суд?