Как защититься в суде от иска жильцов, связанного с несостоявшимся собранием по смене управляющей компании?

Всё зависит от того, очное или заочное было собрание. Если очное, то как минимум должна была быть регистрация всех прибывших на собрание с их подписями.

Если заочное, то должны были быть бюллетени голосования с подписями собственников.

В протоколе действительно подписи всех присутствующих не ставятся. Так что скорее всего подписи на протоколе не могли быть подделаны, а вот в тех документах на которых протокол основывался и где должны были быть подписи такое могло быть в принципе. Иначе человек может говорить о том, что вообще не присутствовал на собрании.

То что не уведомили о собрании в соответствии с ЖК РФ, то это конечно минус.