Наверное вопрос 44292 очень сложный и нужна личная консультация, но может виртуально Вы могли бы чем-то помочь?

Если Вы являетесь госслужащим, то в этом вопросе Вам следует руководствоваться законом "Об основах государственной службы в РФ", в частности ст. 16. там предоставляются гораздо большие гарантии.

Если Ваш орган, который ликвидирован, являлся юридическим лицом, то любое увольнение будет являться увольнением по ликвидации и выплаты следует согласно либо вышеуказанного закона, либо ст. 178 ТК РФ. Однако такое увольнение происходит по ст. 81 ТК РФ. " Статья 178. Выходные пособия

При расторжении трудового договора в связи с ликвидацией организации (пункт 1 статьи 81) либо сокращением численности или штата работников организации (пункт 2 статьи 81) увольняемому работнику выплачивается выходное пособие в размере среднего месячного заработка, а также за ним сохраняется средний месячный заработок на период трудоустройства, но не свыше двух месяцев со дня увольнения (с зачетом выходного пособия).

В исключительных случаях средний месячный заработок сохраняется за уволенным работником в течение третьего месяца со дня увольнения по решению органа службы занятости населения при условии, если в двухнедельный срок после увольнения работник обратился в этот орган и не был им трудоустроен".

А вот в отпуск уходить, оставив заявление, не следует, это будет являться нарушением трудовой дисциплины, что может повлечь соответствующие санкции, вплоть до увольнения за прогул. Настаивайте на получении письменного ответа, пусть это будет отказ в предоставлении отпуска (судя по вопросу, кто-то остался из старого ведомства), который можете обжаловать в суде.