Как сохранить ставку 6% при сдаче нежилого помещения в аренду двум собственниками - физическому лицу и ИП?

Нет такого документа - есть простое соглашение согласно ст. 247 ГК РФ, но оно не освобождает второго собственника от налогов.

Договор безвозмездного пользования (ст. 689 ГК РФ). Долю просто по нему нужно передать. Первые два ответа оторваны от жизни.

смотрите ст. 247 ГК РФ, вам нужно заключить соглашение - согласие, лучше нотариально удостоверить, согласно которому сособственник соглашается сдавать помещение в аренду предпринимателем

ГК РФ

ст. 247

1. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия - в порядке, устанавливаемом судом.

2. Участник долевой собственности имеет право на предоставление в его владение и пользование части общего имущества, соразмерной его доле, а при невозможности этого вправе требовать от других участников, владеющих и пользующихся имуществом, приходящимся на его долю, соответствующей компенсации.

ввести в устав - доходы от сдачи недвижимости в аренду , чтобы вся деятельность подпадала под УСН ,а не была спорной как сейчас

Документ между собственниками не играет роли. Важно кто будет заключать договор аренды и получать арендную плату. Если Вы заключите договор аренды с арендодателем от физ.лица и будете получать на банк. карту, то будете платить подоходный налог (если брать будете наличными, то тут тяжелее Вас отследить и привлечь для уплаты налога); если же заключите договор аренды от ИП и аренда будет поступать на расчетный счет ИП, то налог будет 6% от поступивших средств на расчетный счет, остальное можно брать как чистую прибыль.

В любом случае второй собственник дает нотариальное согласие на сдачу в аренду, но у налогам это отношение не имеет.

Для информации: договор заключенный на 11 месяцев - регистрации не подлежит; свыше 11 месяцев - договор надо регистрировать. Оба договора имеют одинаковую юридическую силу.