Есть ли хоть какой-то нормативный акт, который бы хоть как-то объснил ситуацию?

Зависимости нет. Оценка ценной бумаги и оценка имущества, вносимого в порядке оплаты этой ценной бумаги - суть разные вещи, не взаимосвязанные. Закон "Об оценочной деятельности" предоставляетс Вам достаточно широкие возможности оспорить отчет оценщика, если Вы сочтете это необходимым (ст. 13). Кроме того, сам этот закон устанавливает случаи невозможности участия оценщика в оценке. У Вас такого случая нет.

" Статья 16. Независимость оценщика

Оценка объекта оценки не может проводиться оценщиком, если он является учредителем, собственником, акционером или должностным лицом юридического лица либо заказчиком или физическим лицом, имеющим имущественный интерес в объекте оценки, или состоит с указанными лицами в близком родстве или свойстве.

Проведение оценки объекта оценки не допускается, если:

в отношении объекта оценки оценщик имеет вещные или обязательственные права вне договора;

оценщик является учредителем, собственником, акционером, кредитором, страховщиком юридического лица либо юридическое лицо является учредителем, акционером, кредитором, страховщиком оценочной фирмы.

Не допускается вмешательство заказчика либо иных заинтересованных лиц в деятельность оценщика, если это может негативно повлиять на достоверность результата проведения оценки объекта оценки, в том числе ограничение круга вопросов, подлежащих выяснению или определению при проведении оценки объекта оценки.

Размер оплаты оценщику за проведение оценки объекта оценки не может зависеть от итоговой величины стоимости объекта оценки".