Если возможно ответьте на этот вопрос и укажите источник в нормативных документах где это можно посмотреть?

Уважаемый Андрей! Ваш бухгалтер неправ. Налог на пользователей автодорог составляет 1% выручки от реализации работ (ч.2 ст. 5 Закона РФ" О дорожных фондах в РФ" от 18 октября 1991 г. N 1759-I (с послед. измен. от 30 декабря 2001 г.)). При исчислении налогооблагаемой базы из выручки от реализации работ исключаются налог на добавленную стоимость, акцизы (по организациям-изготовителям подакцизных товаров), налог на реализацию горюче-смазочных материалов (по организациям, реализующим горюче-смазочные материалы), экспортные пошлины (по организациям, осуществляющим экспортную деятельность), лицензионные сборы за производство, розлив и хранение алкогольной продукции, суммы установленных процентных надбавок к розничным ценам на радиоприемники и телевизоры (Методические указания

по проведению документальных проверок плательщиков налогов, поступающих в дорожные фонды, утв. письмом Госналогслужбы РФ от 14 сентября 1998 г. N ШС-6-07/611@, раздел II "Порядок исчисления и уплаты налога на пользователей автомобильных дорог", ч. 1 п. 18). Так что Вашему бухгалтеру нужно сначала исчислить НДС, а затем с образовавшейся суммы за вычетом НДС расчитывать 1 % налога на пользователей автодорог.

Желаю удачного бизнеса!