При этом арендные платежи будут зачтены в выкупную цену и полностью ее покроют.

Уважаемый Михаил! В соответствии с п.п. 10 п. 2 ст. 149 Налогового кодекса РФ, не облагается НДС реализация услуг по предоставлению в пользование жилых помещений в жилищном фонде всех форм собственности. Несмотря на то, что этот подпункт вводится в действие 1 января 2004 года, положение о необложении НДС платы за жилое помещение действует и сейчас на основании ст. 27 Федерального закона от 5 августа 2000 г. N 118-ФЗ "О введении в действие части второй Налогового кодекса Российской Федерации и внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации о налогах" (с изменениями от 27 декабря 2000 г., 24 марта, 6 августа, 15 декабря, 30 декабря 2001 г., 29 мая 2002 г.). Так как плата за жилое помещение не облагается НДС, то налог не должен включаться в плату за жилое помещение и, соответственно, платить его Вам не надо. Плательщиком НДС является организация-юридическое лицо. В случае выкупа жилого помещения у организации-юридического лица в стоимость квартиры должен будет включен НДС и Вы будете должны выплатить организации стоимость квартиры с включенным НДС. До выкупа Ваши отношения с организацией регулируются положениями Гражданского кодекса о найме жилого помещения (заметьте, не об аренде, а о найме). Выкуп же производится в соответствии с положениями Гражданского кодекса о купле-продаже. Вот если бы Вы заключили договор купли-продажи квартиры в рассрочку (т. е. сразу бы получили квартиру в собственность) и в течение 5 лет уплачивали не плату за жилое помещение, а цену квартиры, то тогда в ежемесячную выплату включался бы и НДС.

Удачи!