Можно ли претендовать на жилье по фактическому месту проживания, а не по прописке, и где нужно встать на учет для участия в программе квартира молодой семье?

Нет, только по месту жительства (постоянная регистрация). Постановление Правительства РФ от 17 декабря 2010 г. N 1050 утвердило Правила предоставления молодым семьям социальных выплат на приобретение (строительство) жилья и их использование, где указано:

"... 6. Участником подпрограммы может быть молодая семья, в том числе молодая семья, имеющая одного и более детей, где один из супругов не является гражданином Российской Федерации, а также неполная молодая семья, состоящая из одного молодого родителя, являющегося гражданином Российской Федерации, и одного и более детей, соответствующая следующим условиям:

а) возраст каждого из супругов либо одного родителя в неполной семье на день принятия органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации решения о включении молодой семьи - участницы подпрограммы в список претендентов на получение социальной выплаты в планируемом году не превышает 35 лет;

б) молодая семья признана нуждающейся в жилом помещении в соответствии с пунктом 7 настоящих Правил;

в) наличие у семьи доходов, позволяющих получить кредит, либо иных денежных средств, достаточных для оплаты расчетной (средней) стоимости жилья в части, превышающей размер предоставляемой социальной выплаты.

7. В целях настоящих Правил под нуждающимися в жилых помещениях понимаются молодые семьи, поставленные на учет в качестве нуждающихся в улучшении жилищных условий до 1 марта 2005 г., а также молодые семьи, признанные органами местного самоуправления по месту их постоянного жительства нуждающимися в жилых помещениях после 1 марта 2005 г. по тем же основаниям, которые установлены статьей 51 Жилищного кодекса Российской Федерации для признания граждан нуждающимися в жилых помещениях, предоставляемых по договорам социального найма, вне зависимости от того, поставлены ли они на учет в качестве нуждающихся в жилых помещениях.

…