Если да, то имеет ли смысл мне снова прописаться к матери назад, в её коммунальную квартиру, чтобы сохранить очередь.

Граждане, состоящие на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях по договорам социального найма, в случае утраты оснований, дающих им право быть признанными малоимущими (Вы не указали в вопросе о своём материальном положении), вправе перейти на учет нуждающихся в содействии в улучшении жилищных условий на основании заявления, представленного в уполномоченный орган, с сохранением даты постановки на учет в качестве нуждающихся в жилых помещениях (см. Закон Санкт-Петербурга от 19.07.2005 № 407-65 в ред. от 18.07.2007 "О порядке ведения учета граждан в качестве нуждающихся в жилых помещениях и предоставлении жилых помещений по договорам социального найма в Санкт-Петербурге".При изменении места жительства, паспортных данных или иных сведений о состоящем на учете гражданине, изменение которых препятствует проведению актуализации данных и установлению достоверности представляемых в обязательном порядке сведений, гражданин обязан в течение 30 календарных дней письменно проинформировать о происшедших изменениях уполномоченный орган, принявший его на учет. Изменив место жительства в 2000году, Вы были обязаны сообщить об этом администрации по месту учёта. Принятие решения о предоставлении жилых помещений по договорам социального найма гражданам, принятым на учет в качестве нуждающихся в улучшении жилищных условий до 1 марта 2005 года, осуществляется без учета сведений о доходе, приходящемся на каждого члена семьи, и стоимости имущества, находящегося в собственности членов семьи и подлежащего налогообложению.

В зависимости от результатов актуализации данных уполномоченный орган принимает одно из следующих решений:

о снятии гражданина (семьи) с учета;

о предоставлении жилого помещения по договору социального найма.

Полагаю, что снятие Вас с учёта по месту жительства матери является обоснованным, т.к Вы сменили место жительства и в квартире с отцом обеспечены площадью по норме предоставления (18 кв.м общей площади на человека). При переезде к матери это будет расценено как ухудшение жилищных условий и в течение 5 лет Вас не поставят снова на учёт по улучшению жилищных условий.