Обязано ли физическое лицо уплатить НДС при продаже коммерческой недвижимости?

НДС - не обязан, а НДФЛ обязан, т.к. ст. 217 и 220 НК РФ на такие продажи не распространяются

НДС уплачивается юридическими лицами и ИП, физ лицо уплачивает только НДФЛ.

Физические лица владеющие объектами коммерческой недвижимости уплачивают с них налог на имущество физических лиц, а если продают эти объекты или сдают их в аренду, уплачивают с этих доходов налог на доходы физических лиц. Согласно гл. 23 НК РФ с полученных доходов граждане обязаны уплачивать налог НДФЛ в общем случае по ставке 13 процентов

ВЫ ОБЯЗАНЫ УПЛАТИТЬ НДФЛ КАК ФИЗ ЛИЦО, Т.К. МАГАЗИН ИСПОЛЬЗОВАЛСЯ В ПРЕДПРИНИМАТЕЛЬСКОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ - СТ. 217, 220 НК РФ.

Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)

Путеводитель по налогам. Вопросы применения ст. 217 НК РФ >>>

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи ценных бумаг, а также на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности;

Налогоплательщиками налога на добавленную стоимость признаются:

- организации;

- индивидуальные предприниматели;

- лица, признаваемые налогоплательщиками налога на добавленную стоимость в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза

Ст. 143 НК РФ

Если в момент продажи магазина Вы были зарегистрированы как ИП, то инспекция права. Единственно что может уменьшить в этой ситуации сумму налога, так это если вы магазин покупали с НДС и представите подтверждающие документы (договор и счет-фактуру) налоговой, тогда в соответствии с Налоговым кодексом РФ налогооблагаемая база по НДС будет определяться как разница между продажной и покупной ценой.