Если можно - и ссылочку на нормативный источник.

Если я правильно понял ситуацию и предприятие, изменения в Устав которого вносятся, уже зарегистрировано при создании, но в порядке существовавшем до 01.07.2002 года, то повторная регистрация его не требуется (вы говорите о регистрации: "подает документы на регистрацию в МНС и одновременно вносит изменения в устав."). Закон о регистрации юридическиз лиц вступивший в силу с 01.07.2002 года обязывает лишь "Уполномоченное лицо юридического лица, зарегистрированного до вступления в силу указанного Федерального закона, в течение шести месяцев со дня вступления в силу настоящего Федерального закона ПРЕДОСТАВИТЬ В РЕГИСТРИРУЮЩИЙ ОРГАН (мнс) СВЕДЕНИЯ, предусмотренные подпунктами "а" - "д", "л" пункта 1 статьи 5 Федерального закона о регистрации юридических лиц." согласно установленной форме. Об этом говорится в п. 3 ст. 26 ФЕДЕРАЛЬНОГО ЗАКОНА О ГОСУДАРСТВЕННОЙ РЕГИСТРАЦИИ ЮРИДИЧЕСКИХ ЛИЦ Принятого Государственной Думой 13 июля 2001 года (Ссылка на нормативный источник как Вы просили) Такие сведения предоставляются без оплаты государственной пошлины (пошлина оплачивается в соответствии с законом о государственной пошлине). ЗАКОН О ГОСУДАРСТВЕННОЙ ПОШЛИНЕ (в ред. Федеральных законов от 31.12.1995 N 226-ФЗ, от 20.08.1996 N 118-ФЗ, от 19.07.1997 N 105-ФЗ, от 21.07.1998 N 117-ФЗ, от 13.04.1999 N 76-ФЗ, от 07.08.2001 N 112-ФЗ, от 21.03.2002 N 31-ФЗ) в п. 6. ст. 4 (снова ссылка на источник) говорит лишь о взимании государственной пошлины "за государственную РЕГИСТРАЦИЮ юридических лиц, в том числе за государственную РЕГИСТРАЦИЮ ИЗМЕНЕНИЙ, вносимых в учредительные документы юридических лиц."