Так кто же прав в этом случае или МНС или Решение ВАС за № 16141/04 от 26.01.2005 года?

Лично я считаю, что суд прав. Обосновано в судебном решении все правильно - основное изложено в нижеследующей цитате из этого решения. Нельзя применять нормы, относящиеся к иному налогу, в расчетах определенного налога.

"Нормы суточных для целей налогообложения установлены постановлением Правительства Российской Федерации от 08.02.2002 N 93. Однако в целях исчисления налога на доходы физических лиц это постановление не может быть применено, поскольку оно принято в соответствии с подпунктом 12 пункта 1 статьи 264 Налогового кодекса Российской Федерации и устанавливает нормы суточных, применяемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций.

Подпунктом 12 пункта 1 статьи 264 Кодекса предусмотрено, что в состав расходов по налогу на прибыль включаются суточные в пределах норм, утверждаемых Правительством Российской Федерации.

В то же время в соответствии с пунктом 3 статьи 217 Кодекса не включаются в облагаемый налогом на доходы физических лиц доход суточные в пределах норм, установленных в соответствии с действующим законодательством.

Следовательно, Правительство Российской Федерации в силу прямого указания Налогового кодекса Российской Федерации не уполномочено принимать нормативный правовой акт, устанавливающий нормы суточных в целях исчисления налога на доходы физических лиц.

Однако в тех случаях, когда законодатель предусматривает применение нормативов, установленных для целей исчисления одного налога, к другому налогу, он использует такой прием юридической техники, как прямая отсылка к положениям, установленным для соответствующего налога. В статье 217 Налогового кодекса Российской Федерации такая отсылка к нормам главы 25 Кодекса отсутствует. В данной ситуации невозможно и применение налогового законодательства по аналогии, поскольку это противоречило бы положениям статьи 3 Кодекса, согласно которым акты законодательства о налогах и сборах должны быть сформулированы таким образом, чтобы каждый точно знал, какие налоги (сборы), когда и в каком порядке он должен платить. Любые неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах должны толковаться в пользу налогоплательщика".