В начале 2000 года она ушла из дома, и мы даже не знали, где она находится, жива или нет.

Уважаемая, Наталья! Понятия "утративший право на жилье ", не существует. Если Вам кто-то эту формулировку советует, то заведомо двигаетесь не в том направлении. Ст. 31 ч. 4 ЖК РФ, никакого отношения к Вашему случаю не имеет. При признании в суде, дочери Вашего мужа, безвестно отсутствующей, Вам должны были разъяснить содержание норм ст. 280 ГПК РФ «Последствия явки или обнаружения места пребывания гражданина, признанного безвестно отсутствующим или объявленного умершим»

В случае явки или обнаружения места пребывания гражданина, признанного безвестно отсутствующим или объявленного умершим, суд новым решением отменяет свое ранее принятое решение. Новое решение суда является соответственно основанием для отмены управления имуществом гражданина и для аннулирования записи о смерти в книге государственной регистрации актов гражданского состояния.

Поэтому, с вероятностью почти 100%, могу Вам сказать, что она будет восстановлена в правах, в том числе и на квартиру. После этого, у нее (или ее представителя)будут все шансы, признать договор приватизации недействительным….

Если она остаётся гражданкой России то она будет иметь право бессрочного пользования этой квартирой. Если она сменила гражданство то может быть выписана. Но в любом случае она должна доказывать своё право через суд.