В явном виде передача прав на ПО нигде не обозначена;

Передача прав в Вашем случае может и не происходить "в явном виде", поскольку согласно ст. 14 ЗоАПиСмП "Авторское право на служебные произведения":

1. Авторское право на произведение, созданное в порядке выполнения служебных обязанностей или служебного задания работодателя (служебное произведение) принадлежит автору служебного произведения.

2. Исключительные права на использование служебного произведения принадлежат лицу, с которым автор состоит в трудовых отношениях (работодателю), если в договоре между ним и автором не предусмотрено иное.

Размер авторского вознаграждения за каждый вид использования служебного произведения и порядок его выплаты устанавливаются договором между автором и работодателем.

...

(Закон РФ от 23 сентября 1992 г. N 3523-I "О правовой охране программ для электронных вычислительных машин и баз данных"

Статья 12. Имущественные права на программу для ЭВМ или базу данных, созданные в порядке выполнения служебных обязанностей

1. Имущественные права на программу для ЭВМ или базу данных, созданные в порядке выполнения служебных обязанностей или по заданию работодателя, принадлежат работодателю, если в договоре между ним и автором не предусмотрено иное.

2. Порядок выплаты и размер вознаграждения устанавливаются договором между автором и работодателем.)

Т.е. в принципе, согласно закону, для того, чтобы права на разработанный Вами продукт принадлежали Вашему работодателю, достаточно указания на соответствующие трудовые обязанности в трудовом договоре. Инструкция, задание на разработку, техническое задание, акт сдачи-приемки (или что-то вроде него), акт сдачи в эксплуатацию ПО - это документы, которые больше нужны Вашему работодателю для защиты от Вас или как средство воздействия на Вас в случае невыполнения Вами работы или неудовлетворительной работы продукта.

Из смысла закона видно, что все имущественные права как на исполняемый модуль, так и на исходники принадлежат Вашему работодателю. То, что отсутствуют перечисленные документы, создаст сложности работодателю в случае конфликта между вами, но эти сложности преодалимы.