Половина квартир наследована более 3 лет, другая половина - менее 3 лет - свидетельство о собственности 2014 года. Разные собственники.

Тот кто владеет более 3-х лет налог при продаже не плати (ст. 217 НК РФ). У того кто владеет менее 3-х лет есть вычет. Имущественный вычет при продаже по ст. 220 НК РФ равен 1млн. руб, т.е. общую сумму уменьшаете на 1млн. руб. и с разницы платите налог пропорционально долям (т.е. на 500 тыс. в Вашем случае). Но для получения права на вычет надо обязательно подавать налоговую декларацию (форма 3-НДФЛ). Вместо 1 млн. руб. можно уменьшить на расходы при покупке этого же имущества.