Как сохранить госпошлину и избежать отказа при продлении лицензии на продажу алкоголя?

У предприятия срок действия лицензии на продажу алкоголя истекает 16 ноября 2014 Оплатили госпошлину.14 октября 2014 а 3 года сумму 120000 (по 40000). Подали заявление 15 октября 2014. Сверку с ИФНС не произвели сначало. Оказалось, что у нас имеется задолженность по пени по налогу УСН 2013 г.в размере 1175 руб. на дату подачи заявления. Нам об этом позвонили и сообщили из лицензионного отдела 29 октября 2014. мы сразу же в этот же день произвели сверку и согласились с этой суммой пени и оплатили в этот же день. Нам грозят. Что сумма госпошлины у нас пропадает, т.к у нас на дату подачи заявления есть задолженность. Но мы ее погасили же до момента продления. Что нам делать? Как не потерять госпошлину и не получить отказ на продление лицензии (отказ мы не получили до сих пор) Только нас предупредили устно, что мы попали. Может быть нам отозвать заявление и подать другое после даты погашения пени?