И будет ли после этого у бывшей жены брата возможность через суд снова прописать племянника в нашу квартиру?

Антонина, если Ваш брат согласен сам сняться с регистрации вместе с сыном (по-другому не получится), тогда я вообще проблем не вижу.....

Сами Вы никого прописывать/выписывать не вправе. Вопрос в случае недостижения согласия может рассматриваться исключительно судом.

Калинина Ольга Геннадьевна (812) 970-37-56.