Как поступить если проектная площадь квартры

Изменение площади - это существенное условие договора, если Вы оплатили лишние деньги, то Вам их обязаны вернуть, если требуют больше имеете право не заключать, а уплаченные вернуть обратно. Если площадь меньше, то советую сначало оформить право собственности на квартиру, а потом подать иск в суд о взыскании излишне уплаченной суммы.

Что касается ЖК РФ, в какой части вы хотите применить его?

Здесь в первую очередь закон "О защите прав потребителей и ГК РФ

Для более правильного решения рекомендую обратиться к юристу с договором и тогда сразу все станет понятно.