Могу ли я «побороться» за свою компенсацию или в ОК всё правильно сказали?

К сожалению однозначного ответа на вопрос не получится.

Последний абзац статьи 325 ТК РФ говорит следующее:

Размер, условия и порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в организациях, финансируемых из бюджетов субъектов Российской Федерации, устанавливаются органами государственной власти субъектов Российской Федерации, в организациях, финансируемых из местных бюджетов, - органами местного самоуправления, у работодателей, не относящихся к бюджетной сфере, - коллективными договорами, локальными нормативными актами, принимаемыми с учетом мнения выборных органов первичных профсоюзных организаций, трудовыми договорами.

Т.е. законодатель позволил работодателям, не относящимся к бюджетной сфере, самостоятельно своими локальными нормативными актами устанавливать размеры, условия и порядок компенсации расходов на оплату проезда.

С одной стороны вроде Ваш отдел кадров прав, т.к. работодатель воспользовался своим правом и принял локальный акт, которым установил особый порядок компенсации. Однако, суд может расценить, что принятый работодателем порядок уменьшает уровень гарантий и компенсаций работников, т.к. общай смысл статьи 325 ТК РФ устанавливает период оплаты один раз В два года, где ключевое слово "В ДВА ГОДА", т.е. право на оплату проезда должно возникать НА ВТОРОЙ год работы, именно тогда право будет считаться использованным именно раз в два года.

Сложно сказать как порешает суд в Вашем случае. В нашем регионе суды придерживаются такой точки зрения только в том случае если работодатели устанавливают иные периоды оплаты нежели чем раз в два года, например раз в пять лет. В таком случае легко признают данное положение противоречащим ТК РФ и взыскиваются стоимость проезда.

Рекомендую обратиться в трудовую инспекцию в Вашем регионе они наверняка знают местную судебную практику по данному вопросу.