Какое последовательное списание предусмотрено для зачисленных средств по договору подряда - на основной долг или пени?

Сначала гасится основной долг, затем пени.

ПОСТАНОВЛЕНИЕ Пленума Верховного Суда РФ N 13, Пленума ВАС РФ N 14 от 08.10.1998, пункт 11

11. При применении норм об очередности погашения требований по денежному обязательству при недостаточности суммы произведенного платежа (статья 319 Кодекса) судам следует исходить из того, что под процентами, погашаемыми ранее основной суммы долга, понимаются проценты за пользование денежными средствами, подлежащие уплате по денежному обязательству, в частности проценты за пользование суммой займа, кредита, аванса, предоплаты и т.д.

Проценты, предусмотренные статьей 395 Кодекса за неисполнение или просрочку исполнения денежного обязательства, погашаются после суммы основного долга.

Желаю удачи в решении Вашего вопроса!

Главой 37 ГК РФ ( строительный подряд) не предусмотрено решение вопроса о порядке возмещения задолженности по договору подряда. Если между вами не оговорен данный вопрос в договоре, и незаключено дополнительное соглашение, то тогда этот вопрос будет решаться в суде. Как правило в погашении задолженности по подряду сначала взыскивается основной долг а потом проценты с суммы задолженности. Сначала проценты, а потом долг - это договор банковского кредитования- и только тогда, когда в договоре определен порядок погашения задолженности и тела договора ( основного долга и процентов) и пени.

Евгений, Вы не очень внимательны.

И Людмила и я дали Вам один и тот же ответ. Сначала основной долг, затем пени.