Я предполагаю, что это может быть связано с военкоматом, хотя мне уже есть 28 лет.

Федеральный закон от 15 августа 1996 г. N 114-ФЗ "О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию"

Статья 10.

Паспорт оформляется соответствующим государственным органом в сроки, предусмотренные настоящей статьей, и выдается сроком на пять лет.

...При наличии обстоятельств, предусмотренных статьей 15 настоящего Федерального закона, либо в случае несогласия одного из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей на выезд из Российской Федерации несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации паспорт этому несовершеннолетнему гражданину не оформляется, одновременно заявителю выдается соответствующее уведомление с изложением причины отказа.

Статья 15 Пправо гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:

1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, - до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом...

2) в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, - до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;

3) задержан по подозрению в совершении преступления либо привлечен в качестве обвиняемого, - до вынесения решения по делу или вступления в законную силу приговора суда;

4) осужден за совершение преступления, - до отбытия (исполнения) наказания или до освобождения от наказания;

5) уклоняется от исполнения обязательств, наложенных на него судом, - до исполнения обязательств либо до достижения согласия сторонами;

6) сообщил о себе заведомо ложные сведения при оформлении документов для выезда из Российской Федерации, - до решения вопроса в срок не более одного месяца органом, оформляющим такие документы.

Статья 16. Во всех случаях временного ограничения права на выезд из Российской Федерации, предусмотренных статьей 15 настоящего Федерального закона, орган внутренних дел выдает гражданину Российской Федерации уведомление, в котором указываются основание и срок ограничения, дата и регистрационный номер решения об ограничении, полное наименование и юридический адрес организации, принявшей на себя ответственность за ограничение права данного гражданина на выезд из Российской Федерации.

Не люблю длинного цитирования, но в данном случае считаю его оправданным.

Приведенный в законе перечень оснований - исчерпывающий. Если вы уверены, что за Вами нет "грешков" по этим основаниям, можете "воевать" с МИДом на основании указанных выше норм, а также на основании статьи 34:

В случае, если государственным органом или должностным лицом был нарушен порядок оформления документов на въезд в Российскую Федерацию и (или) на выезд из Российской Федерации, предусмотренный настоящим Федеральным законом, гражданин Российской Федерации, иностранный гражданин или лицо без гражданства вправе обратиться за защитой своих интересов в суд в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.

Опыт показывает низкую эффективность борьбы с МИДом за справедливость. Если Вы не желаете отставивать в данном случае законность, а хотите стать поскорее обладателем паспорта, рекомендую обратиться в ОВИР. В Москве, например, эти органы оформляют паспорт в установленный законом срок - до одного месяца.

Желаю удачи