Как разделить прибыль при продаже ООО с неодинаковыми вкладами учредителей?

Если денежные средства вносили на расчетный счет, необходимо смотреть основание внесения. Если это - заемные средства, то значит это займ и есть. В этом случае учредители вправе требовать возврата заемных средств. По поводу дополнительных вкладов, см.ниже статью 19 ФЗ "Об Обществах с ограниченной ответственностью", там все написано применительно к Вашей ситуации

С уважением

Статья 19. Увеличение уставного капитала общества за счет дополнительных вкладов его участников и вкладов третьих лиц, принимаемых в общество

1. Общее собрание участников общества большинством не менее двух третей голосов от общего числа голосов участников общества, если необходимость большего числа голосов для принятия такого решения не предусмотрена уставом общества, может принять решение об увеличении уставного капитала общества за счет внесения дополнительных вкладов участниками общества. Таким решением должна быть определена общая стоимость дополнительных вкладов, а также установлено единое для всех участников общества соотношение между стоимостью дополнительного вклада участника общества и суммой, на которую увеличивается номинальная стоимость его доли. Указанное соотношение устанавливается исходя из того, что номинальная стоимость доли участника общества может увеличиваться на сумму, равную или меньшую стоимости его дополнительного вклада.

Каждый участник общества вправе внести дополнительный вклад, не превышающий части общей стоимости дополнительных вкладов, пропорциональной размеру доли этого участника в уставном капитале общества. Дополнительные вклады могут быть внесены участниками общества в течение двух месяцев со дня принятия общим собранием участников общества решения, указанного в абзаце первом настоящего пункта, если уставом общества или решением общего собрания участников общества не установлен иной срок.

Не позднее месяца со дня окончания срока внесения дополнительных вкладов общее собрание участников общества должно принять решение об утверждении итогов внесения дополнительных вкладов участниками общества и о внесении в учредительные документы общества изменений, связанных с увеличением размера уставного капитала общества и увеличением номинальной стоимости долей участников общества, внесших дополнительные вклады, а в случае необходимости также изменений, связанных с изменением размеров долей участников общества. При этом номинальная стоимость доли каждого участника общества, внесшего дополнительный вклад, увеличивается в соответствии с указанным в абзаце первом настоящего пункта соотношением.

Документы для государственной регистрации предусмотренных настоящим пунктом изменений в учредительных документах общества, а также документы, подтверждающие внесение дополнительных вкладов участниками общества, должны быть представлены органу, осуществляющему государственную регистрацию юридических лиц, в течение месяца со дня принятия решения об утверждении итогов внесения дополнительных вкладов участниками общества и о внесении соответствующих изменений в учредительные документы общества. Указанные изменения в учредительных документах общества приобретают силу для участников общества и третьих лиц со дня их государственной регистрации органом, осуществляющим государственную регистрацию юридических лиц.

В случае несоблюдения сроков, предусмотренных абзацами третьим и четвертым настоящего пункта, увеличение уставного капитала общества признается несостоявшимся.