Возможно ли погасить ипотеку с помощью губернаторского материнского капитала, если остался долг в размере 90 000 рублей?

Можете. В соответствии со статьей 10 Федерального закона от 29 декабря 2006 г. N 256-ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" деньги материнского (семейного) капитала могут быть направлены на улучшение жилищных условий.

7. Средства (часть средств) материнского (семейного) капитала направляются на погашение основного долга и уплату процентов по займам на приобретение (строительство) жилого помещения, предоставленным гражданам по договору займа на приобретение (строительство) жилого помещения, заключенному с одной из организаций, являющейся: 1) кредитной организацией в соответствии с Федеральным законом "О банках и банковской деятельности"; 2) микрофинансовой организацией в соответствии с Федеральным законом от 2 июля 2010 года N 151-ФЗ "О микрофинансовой деятельности и микрофинансовых организациях"; 3) кредитным потребительским кооперативом в соответствии с Федеральным законом от 18 июля 2009 года N 190-ФЗ "О кредитной кооперации"; 4) иной организацией, осуществляющей предоставление займа по договору займа, исполнение обязательства по которому обеспечено ипотекой. 8. Средства (часть средств) материнского (семейного) капитала направляются на погашение основного долга и уплату процентов по займам на приобретение (строительство) жилого помещения при условии предоставления лицом, получившим сертификат, или его супругом (супругой) документа, подтверждающего получение им займа путем безналичного перечисления на счет, открытый лицом, получившим сертификат, или его супругом (супругой) в кредитной организации.