Подскажите как лучше в нашем случае расчитать сумму ущерба и можем ли мы из головы выставить им сумму.

Согласно ст. 1301 ГК РФ правообладатель наряду с использованием других применимых способов защиты и мер ответственности вправе в соответствии требовать по своему выбору от нарушителя вместо возмещения убытков выплаты компенсации. Таким образом вы вправе выбирать между этими двумя видами имущественной ответственности и, соответственно, предъявлять такие требования правонарушителю. В вашем деле следует учитывать, что согласно ст.15 ГК РФ доказывать убытки придется вам, а это сложнее, чем требовать компенсацию. Дело в том, что компенсация подлежит взысканию при доказанности лишь факта правонарушения. При этом правообладатель, обратившийся за защитой права, освобождается от доказывания размера причиненных ему убытков (п.3 ст.1252 ГК РФ). Учитывая вашу информацию об отсутствии данных о размере убытков, представляется, что вам следует требовать уплаты компенсации. Заявить вы вправе любую сумму в пределах указанных в ст. 1301 ГК РФ. При отказе правонарушителя уплатить добровольно, размер этой компенсации будет определяться судом. Или вы можете сделать расчет компенсации в двукратном размере стоимости права использования программы, определяемой исходя из цены, которая при сравнимых обстоятельствах обычно взимается за правомерное использование произведения (по цене, например, лицензионных договоров на программы).

С уважением,