Возможно стоит согласовывать эти приказы с учредителями и указывать это в трудовом договоре с генеральным?

Если договор подписан с учредителем который установил определенный размер з/п, то соответственно определение иных материальных и стимулирующих выплат также его прераготива, конечно же если иной порядок выплат не предусмотрен локальными актами организации. Если есть положение об оплате труда внимательно прочтите его, а также еще раз просмотрите трудовой договор в котором этот момент также может быть дополнительно предусмотрен. С уважением, Л.К.