Когда будет подписан акт о приемке выполненных работ Заказчиком точно не известно.

На мой взгляд нарушения тут нет, т.к. в ст. 79 ТК РФ сказано НЕ МЕНЕЕ чем за три дня, значит более чем за три дня можно -

Срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия. О прекращении трудового договора в связи с истечением срока его действия работник должен быть предупрежден в письменной форме не менее чем за три календарных дня до увольнения, за исключением случаев, когда истекает срок действия срочного трудового договора, заключенного на время исполнения обязанностей отсутствующего работника.

Трудовой договор, заключенный на время выполнения определенной работы, прекращается по завершении этой работы.

Трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.

Трудовой договор, заключенный для выполнения сезонных работ в течение определенного периода (сезона), прекращается по окончании этого периода (сезона).

Кроме того, дата подписания акта приемки выполненных работ еще не означает, что все работы окончились, возможно была необходимость в проведении дополнительных работ, например убрать строительный мусор или исправить недоделки, указанные в акте, т.е. объект уже принят, а работы еще продолжались.

В общем если работник будет доказывать, что условие о срочности трудового договора устратило силу, т.к. он проработал некоторое время после окончания предупреждения об истечении срока действия трудового договора, то вряд-ли у него получится доказать бессрочность трудовых отношений.