Имеет ли право организация производить вычеты?

Привлечение к материальной ответственности строго лимитировано Трудовым кодексом РФ. Это возможно только в случае наличия убытков (вреда, выраженного в конкретной сумме), вины работников, наличия договоров о полной материальной ответственности (для привлечения к ответственности в полном размере убытков) и соблюдении других условий. Из Вашего вопроса следует, что руководство нарушает требования закона, в связи с чем работники имеются право обратиться в Гострудинспекцию и прокуратуру с жалобами на нарушения трудового законодательства и произвол.