Проблемы ученого с работодателем при подаче заявления на отпуск и нахождении на больничном

Находясь на больничном, я 22 октября подала заявление со всеми необходимыми документами на трёхмесячный отпуск для завершения написания кандидатской диссертации. В ходатайстве учёного совета вуза были указаны даты отпуска с 28 октября 2008 по 28 января 2009 г (указание сроков и дат требует Закон РФ "О высшем и послевузовском профессиональном образовании" и Положение о подготовке научно-педагогических и научных кадров в системе послевузовского профессионального образования РФ) . 24 октября при сдаче мною первого больничного, работадателем комиссионно составлен акт об отказе в получении мной уведомления о сокращении штатов и моей должности в частности. Я по прежнему нахожусь на больничном, последний день это 31 октября. Мне работадатель не подписывает заявление на три месяца, говоря, что как только я закрою второй больничный мне будет подписан отпуск на два месяца. Мотивируя: что я находилась на момент предоставления отпуска на больничном, больничный заканчивается на момент уже "вручения" уведомления и мне положен отпуск только на период двухмесяцев. Вот если бы я закрыла больничный 27 октября, то с 28 октября мне был бы предоставлен отпуск. Больничный был у меня продлён КЭК, не по-моему желанию, а по состоянию здоровья. Кроме того, больничный прервал мой очегодный отпуск и у меня ещё 13 дней отпуска осталось. Я предполагала, что эти дни перейдут на дни после трёхмесяного отпуска. Спасибо!