Возможно ли через суд доказать независимость при покупке квартиры у родственников в ипотеку и получить налоговый вычет?

Всё зависит как Вы оформили договор, особенно учитывая, что он трехсторонний.

Согласно письму Минфина России от 29.06.2012 г. № 03-04-05/5-801 если супруг приобретает квартиру у родителей супруги, он имеет право на получение имущественного налогового вычета.

Но у Вас договор трёх сторонний и если в нём как-то в качестве покупателя фигурирует муж, то может быть и совсем другой вариант. В любом случае нужно получить письменный отказ, а затем смотреть обжаловать действия налогового органа или нет.