В данном случае, кто выступает ответчиком - само должностное лицо или организация в которой он работает?

Не может. Конституционный суд не рассматривает споры по действиям должностных лиц, граждан или органов власти. Он рассматривает законность актов. И производство в КС не исковое.

Федеральный конституционный закон от 21 июля 1994 г. N 1-ФКЗ

"О Конституционном Суде Российской Федерации"

(с изменениями от 8 февраля, 15 декабря 2001 г.)

" Статья 36. Поводы и основания к рассмотрению дела в Конституционном Суде Российской Федерации

Поводом к рассмотрению дела в Конституционном Суде Российской Федерации является обращение в Конституционный Суд Российской Федерации в форме запроса, ходатайства или жалобы, отвечающее требованиям настоящего Федерального конституционного закона.

Основанием к рассмотрению дела является обнаружившаяся неопределенность в вопросе о том, соответствует ли Конституции Российской Федерации закон, иной нормативный акт, договор между органами государственной власти, не вступивший в силу международный договор, или обнаружившееся противоречие в позициях сторон о принадлежности полномочия в спорах о компетенции, или обнаружившаяся неопределенность в понимании положений Конституции Российской Федерации, или выдвижение Государственной Думой обвинения Президента Российской Федерации в государственной измене или совершении иного тяжкого преступления".