Вопрос, что нужно зделать для того чтобы не сесть)) и не стать соучастником, увольнятся нехотелось бы.

Эдуард, к сожалению, по УК, в отличии от ГК руководитель не отвечает за вред причинённый работником (а равно и за другие его противоправные действия, в контексте УК - преступления), так что не питайте пагубных иллюзий. А именно, с юридической точки зрения:

Статья 42. Исполнение приказа или распоряжения

1. Не является преступлением причинение вреда охраняемым уголовным законом интересам лицом, действующим во исполнение обязательных для него приказа или распоряжения. Уголовную ответственность за причинение такого вреда несет лицо, отдавшее незаконные приказ или распоряжение.

2. Лицо, совершившее умышленное преступление во исполнение заведомо незаконных приказа или распоряжения, несет уголовную ответственность на общих основаниях. Неисполнение заведомо незаконных приказа или распоряжения исключает уголовную ответственность.

Системному администратору доказать в суде, что он не имел понятия о нелицензионности софта представляется проблематичным, руководитель же, если всё равно светит ч. 3 146 УК РФ, вряд ли будет пытаться выгородить подчинённого.

Чего точно не стоит делать - это писать всевозможных писем/сл. записок начальству с уведомлением о использовании контрафактных копий в попытках перенести ответственность - послужат только лишним доказательством Вашей вины - пойдёте с начальником как соучастники - 3-я часть ст.146 будет и от 50 т.р. контрафакта.

"Последним звонком" может являться поступление официального письма от "органов" с уведомлением о недопустимости использования контрафактного ПО - таким образом фиксируется наличие умысла (т.к. ответственность по неосторожности данная статья не предусматривает) перед последующим проведением проверки.

Выход реально один - долго и методично "продавливать" начальство в направлении перехода на лиц. софт с оптимизацией списка используемого софта - OpenOffice etc.

С технической точки зрения - пока не сработает указанный выше выход - у сисадмина есть масса способов заранее затруднить сбор впоследствии технических доказательств протисв себя в использовании контрафактного ПО.

Как коллега коллеге желаю Вам всё же обойтись единственным реальным выходом - поверьте опыту - для действительно солидной конторы это вполне возможно, просто вопрос времени и приложенных усилий.