Можно ли субсидией по программе молодая семья оплатить первоначальный взнос за ипотеку?

Да, это возможно, соглансо Постановлению ПРавительства РФ № 1050:

2. Социальные выплаты используются:

а) для оплаты цены договора купли-продажи жилого помещения (за исключением средств, когда оплата цены договора купли-продажи предусматривается в составе цены договора с уполномоченной организацией на приобретение жилого помещения экономкласса на первичном рынке жилья) (далее - договор на жилое помещение);

б) для оплаты цены договора строительного подряда на строительство индивидуального жилого дома;

в) для осуществления последнего платежа в счет уплаты паевого взноса в полном размере, в случае если молодая семья или один из супругов в молодой семье является членом жилищного, жилищно-строительного, жилищного накопительного кооператива (далее - кооператив), после уплаты которого жилое помещение переходит в собственность этой молодой семьи;

г) для уплаты первоначального взноса при получении жилищного кредита, в том числе ипотечного, или жилищного займа на приобретение жилого помещения или строительство индивидуального жилого дома;

д) для оплаты договора с уполномоченной организацией на приобретение в интересах молодой семьи жилого помещения экономкласса на первичном рынке жилья, в том числе на оплату цены договора купли-продажи жилого помещения (в случаях, когда это предусмотрено договором) и (или) оплату услуг указанной организации;

Информация об изменениях:

Постановлением Правительства РФ от 14 июля 2011 г. N 575 пункт 2 дополнен подпунктом "е"

е) для погашения основной суммы долга и уплаты процентов по жилищным кредитам, в том числе ипотечным, или жилищным займам на приобретение жилого помещения или строительство индивидуального жилого дома, полученным до 1 января 2011 г. (далее - погашение долга по кредитам), за исключением иных процентов, штрафов, комиссий и пеней за просрочку исполнения обязательств по этим кредитам или займам.