Что делать, если на решение суда нами была подана апелляция.

Здравствуйте Мария. Вы что-то очень серьезно перепутали. Ст.257 АПК не предусматривает основания для приостановления производства. В п.1, лишь сказано, что правом на подачу обладают лица, участвовавшие в деле. Возможно Вы не подтвердили, что аппеляционная жалоба подана в надлежащем порядке и жалобу оставили без движения, установив сроки для устранения недостатков. После устранения недостатков, Ваша жалоба будет считатся поданой в первоначальные сроки, однако это возможно только после устранения недостатков в пределах срока для подачи жалобы. До этого момента Ваша жалоба считается не поданной. Кассационная жалоба подается после вступления судебного акта в силу. Если кассационная инстанция приняла жалобу ФНС, то это говорит только о том, что Вы с устранением недостатков не уложились в сроки установленнные законом. Кроме того при подаче надлежащим образом жалобы в апелляционную инстанцию, вместе с жалобой направляется дело и если бы Вы подали жалобу надлежащим образом, то кассационная инстанция не могла бы рассмотреть жалобу ФНС, без материалов дела. Так что ищите ошибку в действиях вашей организации. Еще остается надзорная инстанция, но том очень маленькие сроки обжалования. Успехов.