Забрал ли Сбербанк правомерно 20 000 рублей со счета материнского капитала на погашение задолженности по кредиту?

Да, имеет право, поскольку это предусмотрено условиями кредитного договора.

Обращайтесь в банк с заявлением об отзыве согласия на безакцептное списание банком платежей по кредиту (долга, процентов, пеней и штрафов) со всех счетов открытых в банке, во всех отделения и дополнительных офисах банка.

Если и после этого списание денег не прекратится, то обращайтесь в суд.