Сотрудник требует дополнительную оплату за время отпуска - правомерные претензии или нет?

Вы правы.

В случае если рабочая неделя сотрудника не укладывается в положенные 40 часов в неделю (например, при работе два через два дня при 12-тичасовом графике), компания вправе применять суммированный учет рабочего времени.При этом учитывается продолжительность рабочего времени не за один день или одну неделю, а за больший учетный период (месяц, квартал, год). Однако продолжительность рабочего времени все же не должна превышать нормального числа рабочих часов за такой учетный период (ст. 104 ТК РФ). При этом нормальное число рабочих часов определяется по производственному календарю за определенный учетный период (например, количество рабочих часов в месяц по производственному календарю).

Начисляя каждый месяц зарплату, нужно учитывать фактически отработанное работниками за этот месяц количество часов. Каждый час работы оплачивается в одинарном размере, а работа в смене сверх установленной продолжительности оплачивается как сверхурочная. При суммированном же учете рабочего времени вопрос об оплате сверхурочной работы будет решаться после подведения итогов учетного периода и выявления количества часов сверхурочной работы (разница между фактическим и установленным числом рабочих часов).