Как получить согласование на установку автономной станции на земельном участке арендованном у мэрии г. Новосибирска?

Для этого согласования нужны с собственником участка (ст.209 ГК РФ). Он должен либо дать согласие либо отказать. Нужен проект. Обратитесь в проектную организацию

Хочу вместо ямы и подключения к центральной канализации( очень далеко и дорого) поставить автономную станцию типа Юнилос-астра 15.Рядом есть ливневая канализация.

---только разрешение водоканала и администрации. правда не факт что у вас это получится. Федеральный закон от 07.12.2011 N 416-ФЗ (ред. от 13.07.2015) "О водоснабжении и водоотведении"

Статья 8. Обеспечение эксплуатации систем водоснабжения и водоотведения

1. Организации, осуществляющие горячее водоснабжение, холодное водоснабжение и (или) водоотведение, обязаны обеспечивать горячее водоснабжение, холодное водоснабжение, водоотведение, осуществлять иную регулируемую деятельность в сфере водоснабжения и водоотведения путем эксплуатации централизованных и нецентрализованных систем горячего водоснабжения, холодного водоснабжения, централизованных систем водоотведения или отдельных объектов таких систем в соответствии с требованиями настоящего Федерального закона.

2. Физическое лицо, являющееся собственником централизованных систем горячего водоснабжения, холодного водоснабжения и (или) водоотведения, обязано заключить договор с организацией, на основании которого организация будет осуществлять эксплуатацию указанных систем.

"поставить автономную станцию типа Юнилос-астра" Вы можете если будет согласовано с арендодателем , пока по договору аренды у Вас обязанность присоединения к инженерным сетям , в том числе и канализации.

Если будете присоединение делать к центральной канализации ,то согласование нужно будет получать на основании Федерального закона от 07.12.2011 N 416-ФЗ (ред. от 13.07.2015) "О водоснабжении и водоотведении"с организацией обслуживающей канализационную систему .