Почему я должна оформлять это если по закону мне и так принадлежит 50% ? Законно ли это?

Эля, нотариус назвала Вам цену, которую, вероятно, Вам придется заплатить нотариусу за выдачу Вам свидетельства о праве собственности на супружескую долю. Вам надо обязательно подать нотариусу заявление о выделе Вашей супружеской доли, чтобы было зафиксировано Ваше волеизъявление. А получить свидетельство Вы сможете и позже, но избежать оплаты госпошлины за совершение нотариального действия Вам не удастся.

Статья 333.25 НК РФ. Особенности уплаты государственной пошлины при обращении за совершением нотариальных действий:

"5) при исчислении размера государственной пошлины за удостоверение договоров, подлежащих оценке, принимается сумма договора, указанная сторонами, но не ниже суммы, определенной в соответствии с подпунктами 7 - 10 настоящего пункта. При исчислении размера государственной пошлины за выдачу свидетельств о праве на наследство принимается стоимость наследуемого имущества, определенная в соответствии с подпунктами 7 - 10 настоящего пункта.

По выбору плательщика для исчисления государственной пошлины может быть представлен документ с указанием инвентаризационной, рыночной, кадастровой либо иной (номинальной) стоимости имущества, выданный организациями (органами) или специалистами-оценщиками (экспертами), указанными в подпунктах 7 - 10 настоящего пункта. Нотариусы и должностные лица, совершающие нотариальные действия, не вправе определять вид стоимости имущества (способ оценки) в целях исчисления государственной пошлины и требовать от плательщика представления документа, подтверждающего данный вид стоимости имущества (способ оценки)."

Квартира не может стоить по БТИ пять миллионов рублей, это коммерческая стоимость. А Вы вправе платить гос. пошлину от стоимости по БТИ.

Если нотариус не согласится применять при исчислении гос.пошлины стоимости БТИ (инвентаризационной), Вы можете обратиться за разъяснением (или с жалобой на нотариуса) в нотариальную палату. Также можно обжаловать действия нотариуса в суд.